Niacine bevordert insulineresistentie en vermindert de glucosetolerantie op dosisafhankelijke wijze. De bloedglucosespiegel blijft bij mensen zonder diabetes meestal binnen de normaalwaarden; bij diabetici is het goed een maximale dosis van 1,5 gram niacine per dag aan te houden (bij deze dosis is het effect op de bloedglucosespiegel minimaal).
Niacine in een dosis boven 50 mg kan een ‘niacine flush’ veroorzaken met het rood worden van gezicht, armen en borst (soms met lichte zwelling van de huid) en een branderig, prikkelend en/of jeukend gevoel en soms hoofdpijn. Deze verschijnselen houden doorgaans 30 minuten tot een uur aan. Deze reactie kan heftig zijn, maar is ongevaarlijk en van voorbijgaande aard. Er is hierbij geen sprake van een allergische reactie. Deze flush kan beperkt worden door de dosis geleidelijk op te voeren en niacine te combineren met een vitamine B-complex en vitamine C.
De niacine flush wordt ook tegengegaan met quercetine, luteoline of appelpectine.
Niacine is een suprafysiologische dosis verlaagt de uitscheiding van urinezuur, waardoor de kans op hyperuricemie en jicht kan toenemen.
Een dosis niacine boven 3 gram per dag kan toxisch zijn voor de lever (verhoogde leverfunctietesten, geelzucht) en maagdarmklachten veroorzaken (misselijkheid, braken, zuurbranden, gebrek aan eetlust, winderigheid, diarree, maagzweer).
Niacine kan een allergische reactie verergeren door de afgifte van histamine te stimuleren.
Een dosis niacine vanaf 1000 mg per dag kan de homocysteinespiegel significant verhogen; door naast niacine ook vitamine B6 te geven wordt stijging van de homocysteïnespiegel voorkomen.