Niacin fördert dosisabhängig die Insulinresistenz und verringert die Glukosetoleranz. Bei Menschen ohne Diabetes bleibt der Blutzuckerspiegel meist im Normalbereich. Menschen mit Diabetes sollten eine maximale Dosis von 1,5 Gramm Niacin pro Tag einhalten; bei dieser Dosis ist die Wirkung auf den Blutzuckerspiegel minimal.
Niacin kann in einer Dosis über 50 mg einen Niacin-Flush verursachen. Dabei röten sich Gesicht, Arme und Brust, teilweise mit leichter Hautschwellung, und es kann zu einem brennenden, prickelnden und/oder juckenden Gefühl sowie gelegentlich zu Kopfschmerzen kommen. Diese Symptome halten in der Regel 30 Minuten bis eine Stunde an. Die Reaktion kann stark sein, ist jedoch harmlos und vorübergehend. Es handelt sich nicht um eine allergische Reaktion. Der Flush lässt sich begrenzen, indem die Dosis schrittweise erhöht und Niacin mit einem Vitamin-B-Komplex und Vitamin C kombiniert wird.
Auch Quercetin, Luteolin oder Apfelpektin wirken dem Niacin-Flush entgegen.
Niacin in einer supraphysiologischen Dosis senkt die Ausscheidung von Harnsäure, wodurch das Risiko für Hyperurikämie und Gicht steigen kann.
Eine Niacindosis von mehr als 3 Gramm pro Tag kann toxisch für die Leber sein, erhöhte Leberwerte und Gelbsucht verursachen sowie zu Magen-Darm-Beschwerden führen, darunter Übelkeit, Erbrechen, Sodbrennen, Appetitlosigkeit, Blähungen, Durchfall und Magengeschwüre.
Niacin kann eine allergische Reaktion verstärken, indem es die Freisetzung von Histamin anregt.
Eine Niacindosis ab 1000 mg pro Tag kann den Homocysteinspiegel signifikant erhöhen. Durch die zusätzliche Gabe von Vitamin B6 lässt sich ein Anstieg des Homocysteinspiegels verhindern.